Zone of the Enders 3 esteve em desenvolvimento
Mas Konami teve de abandonar projecto.
No evento especial dedicado a Zone of the Enders (ZOE), durante o Tokyo Game Show, Hideo Kojima focou-se principalmente na compilação dos dois jogos PS2 adaptados para o HD. Como novidade, ficou confirmado que esta compilação terá alguns minutos de animação inéditos que estão a ser feitos pelo estúdio Sunrise.
Apesar da maior parte do público assistente estar à espera do anúncio de ZOE 3, Kojima não confirmou a sequela, embora tenha dito que estava muito impressionado pelas várias petições, de tal forma que quando voltasse para o estúdio iria discutir o assunto com a equipa. O que Kojima revelou foi que em determinada altura ZOE 3 esteve em desenvolvimento, mas que a Kojima Productions teve que abandonar o projecto por falta de recursos.
Desconhece-se se o jogo esteve previsto para a PlayStation 2, para a PlayStation 3 e Xbox 360, ou para a Nintendo 3DS. Kojima mostrou também estar disposto a deixar que outro estúdio tome conta do projecto.